Esta nueva desgracia que les obligó a permanecer durante algunos meses en este sitio apartado y solitario, en el cual la escasez de víveres y la dificultad de conseguirlos conducen a muy duros extremos. La situación se torna difícil. Por esto, a principios del año 1552 resolvieron dividirse en dos grupos. Uno de ellos, compuesto de 50 hombres, marchó por tierra a la Asunción, llevando los víveres que pudieron hallarse y algunos guías indígenas, conducido por Hernando Salazar y Alonso Vellido. Los restantes, con doña Mencía, sus hijas y demás mujeres, al frente de los cuales quedaba Salazar de Espinosa, fueron por mar, en una nave que se construyó con los restos de la de Becerra, al puerto de San Francisco.
Salazar y Vellido llegaron a la Asunción el 24 de julio de 1552, y allí notificaron a Irala de las últimas desgracias y el poco remedio que les podía dar, por falta de navío que suficiente para que, hasta que Nuestro Señor proveyese allí se sustenta en”. Consuelo harto mezquino y un si no es dudoso para tan duras circunstancias. La brevedad misma de la noticia sugiere la sospecha de que el sagaz y terrible gobernador de la Asunción, juzgando por las referencias de Salazar y Vellido, dio por perdidos a los náufragos de Mbiazá y resolvió por tal motivo continuar en su puesto y en la rebusca del metal amarillo que la suprema desilusión de 1548 parecía no haber debilitado. Al llegar a San Francisco, persistía Salazar de Espinosa en su porfiado propósito de llegar a la Asunción, donde le urgía hacerse cargo del puesto de tesorero, que debía, más que a sus méritos, a la protección de alguna casa señorial de la cual era criado; pero los sufrimientos pasados habían difundido el descontento en un grupo numeroso de los expedicionarios, que probablemente encabezaba el piloto mayor. Reproche a Salazar gran parte de la culpa en las desgracias acaecidas y se le acusaba de falta de ánimo para remediarlas. En San Francisco (puerto que Sánchez de Vizcaya describe como excelente, próximo al campo, y a los indios guaraníes, amigos de los castellanos) planteó se resueltamente la incidencia. Los del piloto, que eran los más, en secreto instigados por doña Mencía y por Hernando de Trejo, querían dar por terminado el viaje, y poblar allí, a la espera del gobernador don Diego. Pretendía Salazar a todo trance arbitrar los medios de continuarlo, ya fuese por tierra o tratando de adquirir una embarcación en el cercano puerto de San Vicente.
Impusieron la del piloto y, desconociendo la autoridad de Salazar, depusieron del mando. En su lugar pusieron a Hernando de Trejo, que ya cortejaba quizás a doña María de Sanabria, con el beneplácito de su futura suegra, doña Mencía, instigadores y cómplices entrambos de la revuelta del piloto mayor. “Los náufragos restantes, en número de sesenta, con dona Me Quedaron poblando en San Francisco, gobernados por Juan de Sanabria. De tal unión nació allí el futuro obispo de según el cronista Ruy Díaz de Guzmán. Al llegar a San Vicente, comenzó Salazar sus inútiles diligencias para encontrar medio de trasladarse a la Asunción. En esto se hallaba, cuando llegó a la misma ciudad, el 8 de febrero de 1553, el gobernador portugués, Tomás de Souza. Enterado, probablemente por el mismo Salazar, de las desgracias ocurridas a la armada de éste y de la presencia de los náufragos en San Francisco, temió al punto el astuto gobernador que ésta pudiera tornarse definitiva y llegar a convertirse en serio obstáculo a las pretensiones territoriales de la Corona portuguesa.
Ya fuese porque pensara sinceramente que aquella tierra correspondía a su soberano, o porque quisiera impedir a todo trance el establecimiento de la naciente colonia de San Francisco, favoreciendo así las miras de aquél, lo cierto fue que, so capa de socorrerlos, envió una embarcación que fuese en busca de los náufragos y encargó a un fraile de la orden de los Apóstoles la tarea de inducir a Trejo y sus compañeros a que pasasen a San Vicente. El mensajero hizo a Trejo diversos ofrecimientos. Prometió los servicios de Juan de Raya, probablemente, guía conocedor de la travesía terrestre entre San Vicente y Asunción, como también que les favorece para que pudiesen realizar tal viaje. Tentados por ofertas cuya intención oculta no sospechaban, los españoles de San Francisco resolvieron a pasar a San Vicente y siete compañeras, que decidieron quedar en San Francisco, obtuvo de él, obligase al piloto a embarcarse en la carabela.
San Vicente en marzo de 1553, para comprobar el engaño del que habían sido víctimas. Souza había regresado ya a San Salvador, dejando dispuesta la fundación de dos poblaciones, Concepción de Itanhaém (1549) y Santo André, que acaba de asentarse “a fin de reunir la gente que andaba desparramada en los campos y en las playas, promoviendo la expulsión de los españoles, que comerciaban ya por la región del Río Paraná” (J. Ribeiro). Había dejado también órdenes terminantes de impedir por cualquier medio que los españoles de San Francisco pasasen por tierra a la Asunción. Catorce meses permanecieron en San Vicente, durante los cuales pretendía doña Mencía que había gastado gran parte de su hacienda en socorrer a sus compañeros de infortunio. En esta situación decidieron notificar a la Corte de España, para que ésta reclamase del rey de Portugal, por el abuso que las autoridades de San Vicente competían con ellos. Pero mediaba la grave dificultad de hallar quien pudiera y quisiera encargarse de cumplir la comisión. Además, tenían aquéllas, como fácilmente se echa de ver, sobrado interés en que tales comunicaciones su destino, y no habían de omitir medio alguno para lograrlo.