El jueves 10 de abril de 1550. Como empresa que proyecta y que iba entonces a realizarse por indias una larga sucesión de contrastes y desventuras. A poco de la partida, vientos contrarios les obligaron a recalar en la rada de Lisboa. De aquí fueron nuevamente a la vela, dirigiéndose a las Canarias, adonde arribaron sin mayor contratiempo. Refrescar víveres y luego de convenir que, en caso de separarse, se juntarían en la costa del Brasil, pusieron rumbo a las islas de Cabo Verde, donde estuvieron a punto de naufragar. Vientos contrarios, otra vez, les llevaron a la costa de Guinea y les obligaron a recalar en la isla de Santo Tomás, a la que llegaron, probablemente, en los últimos días de mayo. Después de reponer su provisión de agua, continuaron la ruta, pero una nueva tempestad separó las naves. La de Becerra puso la proa hacia el sudoeste, y luego de correr un violento temporal en la costa brasileña, algo más al norte de la isla de Santa Catalina, llegó casualmente a ésta el 25 de noviembre de 1550. Entretanto, vientos contrarios y tal vez la impericia de los pilotos impedían a la San Miguel abandonar las costas de Guinea, muy a pesar de pasajeros y tripulantes, pues el viaje se retrasaba considerablemente, y aquellos parajes eran peligrosísimos por lo frecuentados de piratas y corsarios.
Por último, al cabo de algunas semanas, durante las cuales, perdido el rumbo, vagaron a la ventura buscándolo, el temido encuentro se produjo. El 25 de julio de 1550, día de Santiago, entre las siete y las ocho de la mañana, tocase a rebato a bordo de la San Miguel. Acababa de divisar una vela que, según toda probabilidad, era de algún corsario francés de los que frecuentaban aquella costa, en acecho de indefensos barcos mercantes que desvalijar.
San Miguel no tiene artillería ni gente de guerra suficiente para disputar la victoria al enemigo. Por esto, la primera tentativa de su capitán es alejarse del peligro; pero en vano. Su propósito se frustra, porque el viento no le favorece. La nave del 100 corsario, más veloz y mejor gobernada, pónese a poco a tiro de Ia bandera francesa de cruz blanca sobre campo azul estrellado de flores de lis.
La confusión es inmensa en la nave castellana: cruzarse órdenes contrarias y numerosas que nadie cumple. La inminencia del saqueo y sus inevitables horrores y violencias tienen fuera de sí a la gran mayoría de la tripulación, y la endeble y precaria autoridad del capitán Salazar no logra imponerse a sus desmoralizados marineros. Por último, tome una resolución, pues el momento apremia. Échese a la mar, y en él se dirigen a la nave corsaria el capitán Salazar y, en calidad de intérprete, el caballero genovés Bernardo Vibaldo o Vivaldi, a quien se ha elegido para tal oficio por su conocimiento del francés. La nave corsaria es de La Rochelle, propiedad de un tal Fran-cisco Martín y navega con bandera francesa, bajo el mando del capitán Escorcer Normand. Salazar intenta convencerle de que la San Miguel no es nave de comercio, y que navega en dirección a las Indias, llevando a su bordo gente armada que el rey de España (con quien el de Francia se halla entonces de paz) envía al Río de la Plata; pero la codicia del aventurero francés, estimulada por la perspectiva de un abundante saqueo, no entiende tal razón. Salazar y Vivaldo son retenidos, en tanto que un grupo de corsarios se traslada a la San Miguel, con la prolijidad y rapidez de los avezados en tal oficio.
Consumado el robo y vueltos a bordo de la San Miguel Salazar y Vivaldo, pudo aquélla continuar su viaje y llegar a Santa Catalina sin otros incidentes conocidos o dignos de mención, el 16 de diciembre de 1550, donde tuvieron sus tripulantes la satisfacción de hallar la nave de Becerra. La otra naufragó en el océano. Desde Santa Catalina envió Salazar por tierra a la Asunción, a Cristóbal de Saavedra y cinco soldados, para que noticias en a Irala de la real provisión que nombraba a don Diego de Sanabria gobernador del Río de la Plata; y para que solicito de aquél enviará a San Gabriel víveres y recursos que permitieran a los expedicionarios (los cuales se preparaban a continuar por mar pañeros realizaron felizmente su travesía por el mismo camino de AIvar Núñez y llegaron a la Asunción el 15 de agosto de 1551.Enterado Irala de la provisión y calculando que en aquella fecha estuvieran los expedicionarios en la isla de San Gabriel, envió con presteza en su socorro a Nufrio de Chaves, “con bastimentos y gente práctica de la tierra”, el cual partió de Asunción en setiembre de aquel año. Regresó poco a poco sin haber logrado noticias de ellos; bien que dejando en San Gabriel y, por orden de Irala, “mucho mantenimiento de carne y grano y aviso necesario”. Entretanto, preparándose los de la armada a continuar el viaje; más un nuevo percance vino a dilatar su terminación. Quebrantada por tantas peripecias, la San Miguel no se hallaba en estado de continuar la navegación; y para evitar un naufragio que parecía inminente, viéndose obligados a echarla de través. Abandonaron luego aquella costa inhospitalaria (que las repetidas malocas de los portugueses de San Vicente habían transformado en un desierto) y dirigirnos, para mayor desventura, al puerto denominado entonces Mbiaza, en 28°, 40′, según Sánchez de Vizcaya.